保温棉对身体是有一定危害性的，操作保温棉时安全的防护是必不可少的，这样对身体危害性很小。
肺部的危害：
接触保温棉(玻璃棉、岩棉、矿棉)的工人均可出现x线胸片改变：即尘肺改变肺功能测定FVC(用力呼气量)低于正常，但远不如石棉工人严重。对接触保温棉工人肺活检病理检查表明，肺组织内有保温棉纤维尘细胞灶，胶元轻度增生，肺癌、肺脓肿。当接触较低浓度时(2.5根／毫升)，即使长达20年，工人肺功能改变也不大。接触高浓度保温棉纤维尘的工人，出现上呼吸道刺激症状和哮喘发作。自患者肺灌洗液中可检出0.5、0.7μm粗的保温棉纤维。
皮肤危害：
保温棉纤维工人多发生接触性皮炎，但部分工人可以逐渐耐受，称为「硬化现象。对皮肤损害的程度，依纤维直径和表面粗糙性而异，目前公认，纤维直径超过5μm，才具有明显刺激作用。
接触保温棉纤维的工人，有少数人出现皮肤过敏，但迄今未证实这些纤维本身是致敏原。
眼睛及粘膜危害：
接触保温棉纤维等工人可患结膜炎和角膜炎，严重者可见角膜混浊和局部脓肿。自患者眼内可以冲洗出直径3μm以下的纤维。对患者眼球的病理检查，可见角膜上皮细胞增生，结膜液粘蛋白含量增加，表明是机械性刺激作用。动物实验证实有类似的病理改变。
主要防护措施有：
密闭尘源：主要是生产机械的密闭。整体、局部。
通风除尘：在必须敞开处，安装局部排风设备，将纤维粉尘收集后排出。
湿式作业：预先将材料湿润，或喷雾洒水，可大大减少粉尘的产生量。
个体防护：在其它措施达不到要求或不能采取措施时，佩戴合适的防尘面具、防护服。
无论是作业和生产保温棉都需要以上的安全防护措施。